總統府年金改革委員會於3月17日下午於行政院召開「年金制度基金管理與組織第2次研議會議」，由副召集人兼執行長林萬億主持，邀請鑽研年金基金管理的學者、專家，以及相關部會代表與會。本次會議延續前次會議，繼續討論：1. 基金管理組織的定位、型態，包括是否採行政法人、財團法人，或其他型態的組織設計，及如何切割監督與管理單位。2. 有關另立基金提議之可行性，及其成就要件、操作設計及配套措施。3. 如何提升基金投資管理績效，例如建立自選平臺之成就要件與配套、放寬基金自選組合(投資標的、資產配置)之要件；以及其它有助提高基金管理績效之建議。
會中針對基金管理組織的定位、型態與會人員幾乎一致認為現行四大基金管理制度無法滿足利害關係人要求提升基金投資報酬率的期待。其主要理由是：人事任免缺乏彈性、績效鼓勵誘因不足、投資專業知能不足、投資資產配置限制過多，以及政府介入太多。因此，寄望本次年金改革能徹底解決年金基金管理效率問題。至於，是否將現有基金管理組織改為行政法人、財團法人，或其它組織型態，仍有少數與會代表持不同主張，認為行政法人不代表一定能保證基金收益提高，日本經驗就是最佳例子。但是，大多數與會者認為行政法人是當前政治經濟環境下較能被社會大眾接受的體制。倘若改為行政法人之後，就可將各種退休與社會保險基金集中委託由該行政法人統一管理，以提高效率。
林副召集人表示勞工退休基金基理委員會設置條例於94年修法時，就有行政法人的設計，只是未能通過立法；銓敘部也於103年委託學者研究，建議方案一即是設行政法人「軍公教退休撫卹基金運用局」。顯示，行政法人或許是各相關部會比較能被接受的基金管理組織設計。基金管理與組織定位將會是下一階段年金改革的重點工作。
至於另立基金的主張乃係部分年輕世代公教人員擔心年金改革將造成年輕世代多繳、少領，而渠等所繳較高之保費或提撥，會流入現有財務缺口龐大的基金裡，致發生年輕世代多繳給年長世代多領之不公平現象。因此，提議要求年金改革委員會思考將年金改革後的基金分別立帳，以利確認權利與義務關係對等，讓年輕世代公教勞人員不致產生相對剝奪感。至於，基金如何分立，是另成立一新基金?抑或在原基金之下分帳管理?或是有其它方式處理，與會代表仍未有一致看法。林副召集人提醒只要基金管理組織改制、投資報酬績效提升、政府撥補到位，另立基金的必要性就降低。因此，另立基金議題就留待基金管理組織改良、政府撥補額度確定之後，再作考慮。
關於是否如同私校退撫基金，或某些國家的基金投資得由利害關係人選擇投資組合。與會者大都表示贊同，且建議由勞退基金開始試行。但這涉及修正勞工退休金條例，需待修法之後實施。至於公教人員退撫基金以後是否也可設計投資組合供利害關係人自行選擇、投資標的的放寬、資產配置的重新規劃等，連同基金管理組織定位確立之後，重新檢討，以提升投資報酬率。
林副召集人也指出，本階段年金改革不宜立即大幅度調整公教人員保險與退休金制度之確定給付制與確定提撥制的制度設計，可連同勞工保險、勞工退休金制度於下階段一併檢討，同步朝向基金永續發展方向檢討改進。至於，基金管理組織定位需要組成工作小組來研擬修法方向與內容。